Im Widerspruch zu ihrer Wahlkampagne in Bayern hat die CSU einen Antrag auf die Wiedereinführung der alten Pendlerpauschale im Bundestag abgelehnt. Der Linkspartei gehe es mit ihrem Antrag nicht um die Sache, sondern um ein taktisches Manöver vor der Bayern-Wahl, kritisierte der CSU-Abgeordnete Albert Rupprecht in der Bundestagsdebatte. Die Linkspartei hatte die Abstimmung beantragt, um die CSU wenige Tage vor der Wahl in Bayern zum Offenbarungseid zu zwingen.

Die Christsozialen waren im Bayern-Wahlkampf auf Konfrontationskurs zur Schwesternpartei CDU und Kanzlerin Angela Merkel gegangen, die eine Rückkehr zur alten, höheren Pendlerpauschale weiter ablehnt, und hatten die Rückkehr zur alten Pendlerpauschale in Bayern in den Mittelpunkt ihrer Kampagne gestellt. Im Bundestag in Berlin steht die CSU dagegen in der Koalitionsdisziplin, da sie die Kürzung der Pauschale zu Beginn des Regierungsbündnisses mit CDU und SPD selbst mitbeschlossen hatte.

450 Abgeordnete stimmten in namentlicher Abstimmung gegen den Linken-Antrag, 96 dafür, ein Abgeordneter enthielt sich. Die Linke hatte zuvor ohne Erfolg die CSU aufgefordert, ihrem Antrag zuzustimmen, da sie im bayerischen Wahlkampf ebenfalls für die Wiedereinführung werbe. Sie warf der bayerischen Regierungspartei Wählertäuschung vor. "Der bayerische Mut ist ihr abhandengekommen", sagte Linke-Fraktionschef Gregor Gysi. Das unterschiedliche Verhalten der CSU im Land und im Bund sei "Wählertäuschung".

Die endgültige Entscheidung über die Pendlerpauschale liegt beim Bundesverfassungsgericht. Die obersten Richter verhandeln derzeit darüber, ob ihre Kürzung rechtens war. Früher konnten die Kosten für den kompletten Weg zur Arbeit mit 30 Cent pro Kilometer von der Steuer abgesetzt werden, seit 2007 nur noch ab dem 21. Kilometer. Dadurch spart der Staat 2,5 Milliarden Euro im Jahr. Die Kürzung betrifft rund 16 Millionen Berufspendler.