Für jeden Mediziner ist die Mitgliedschaft in der Ärztekammer seines Bundeslandes Pflicht. Diese Körperschaften öffentlichen Rechts überwachen die Berufsausübung der Ärzte und fördern ihre Aus- und Fortbildung. Sie sichern die Qualität der ärztlichen Arbeit und können Ethikkommissionen einrichten.

Die 17 Landesärztekammern haben sich zu einer Arbeitsgemeinschaft, der Bundesärztekammer zusammengeschlossen. Der Deutsche Ärztetag ist die Hauptversammlung der Bundesärztekammer, das "Parlament der Ärzteschaft". Zum Deutschen Ärztetag, der einmal im Jahr tagt, entsenden die 17 Landesärztekammern insgesamt 250 Delegierte.

Kassenärzte müssen außerdem Mitglied der Kassenärztlichen Vereinigung (KV) sein. Die 23 Kassenärztlichen Vereinigungen bilden auf Bundesebene die Kassenärztliche Bundesvereinigung (KBV). Dieser genossenschaftliche Zusammenschluss der Kassenärzte vertritt ihre Rechte und wirtschaftlichen Interessen gegenüber den Krankenkassen. Rund 110.000 Mediziner mit Kassenzulassung sind derzeit in den Kassenärztlichen Vereinigungen organisiert.

Viele Ärzte engagieren sich außerdem freiwillig in etwa 20 großen berufspolitischen Verbänden. Die größte Ärzteorganisation ist der Marburger Bund mit rund 70.000 Mitgliedern, der sich als gewerkschaftliche Interessenvertretung für angestellte und beamtete Mediziner vor allem in Krankenhäusern versteht. Hauptziele des Verbandes sind die Verbesserung der beruflichen Situation von Ärzten und eine leistungsgerechte Bezahlung. Dagegen sind im NAV- Virchowbund und im Hartmannbund niedergelassene Ärzte vertreten.