RFID-Funkchips können angeblich mit Computerviren infiziert und die damit ausgezeichneten Gegenstände leicht manipuliert werden. Aufgrund von Untersuchungen, die von Forschern der Freien Universität Amsterdam in einem Artikel veröffentlicht wurden, ist es zum Beispiel denkbar, dass Gepäckscanner am Flughafen mit Viren "infizierte" RFID-Chips an Koffern auslesen und damit andere Gepäckstücke "verseuchen" können. Schmugglern und Terroristen sei es so möglich, mit Hilfe manipulierter RFID-Chips Sicherheitssysteme zu umgehen. Auch könnten sich Diebe auf diese Weise der Manipulation der Gegenstände anderer Leute bemächtigen.

Die Autoren des Artikels kritisieren besonders das Verhalten der Industrie, die zwar ständig behauptet, ihre Technologie sei sicher, sich aber scheut, den Beweis dafür anzutreten. Die Forscher fordern die Veröffentlichung des Quellcodes hinter der RFID-Software, so dass Universitäten und andere neutrale Experten Schwachstellen entdecken können, bevor die Technologie marktreif wird. Das Ausrufen eines hoch dotierten Preisgeldes für das erfolgreiche Infizieren eines Chips sei ein probates Mittel, um eventuelle Sicherheitslücken aufzudecken, heißt es in dem Artikel.

Auch andere Experten sehen die Einführung von RFID mit Sorge. So ist es nach Ansicht des amerikanischen Forschungsunternehmens SRI International nur eine Frage der Zeit, wann das "Sicherheitsdesaster" mit diesen Systemen eintritt. Die Chips würden auf Kosten von Sicherheitsvorkehrungen viel zu billig produziert. Es fehlten zum Beispiel ausreichende Verschlüsselungsmechanismen und Identifizierungsmerkmale für die Nutzer. Der Fälschung und Manipulation von RFID-Chips seien Tür und Tor geöffnet.

RFID-Chips sollen künftig die Strichcodes auf Packungen und Gegenständen ersetzen. Auf ihnen sind dann alle wichtigen Informationen und Daten gespeichert, die von Funkscannern überall und jederzeit ausgelesen werden können, wie zum Beispiel Herkunft, Zusammensetzung, Preis, Zugehörigkeit oder Handhabung eines Produkts.